La collezione di testi di ambito medico prodotti in Italia e consultabili in Alim ruota ovviamente intorno a Salerno, centro rinomatissimo per per questo tipo di studi, grazie ai precoci contatti con ambienti arabi. Alla Schola Salernitana afferiscono i testi di Matteo de Archiepiscopus, identificato solitamente con Giovanni Plateario il Vecchio e vissuto tra la fine del sec. XI e la metà del sec. XII, quello di Cofone, coevo del precedente, l’anonimo De secretis mulierum, un tempo assegnato ad Alberto Magno (ma la critica recente non sostiene l’attribuzione).
Di poco più tardo e probabilmente non legato alla scuola salernitana, se pur sempre di ambiente partenopeo, Pietro da Eboli, l’autore del fortunatissimo De Balneis Puteolanis, un poemetto che canta le virtù terapeutiche delle acque termali di cui la zona di Pozzuoli è ricca. Il paesaggio della zona flegrea, così suggestivo, e le virtù terapeutiche delle acque sulfuree, che in alcuni testi medievali (Otia Imperialia, Cronica di Partenope) vengono fatte addirittura risalire alle arti magiche di Virgilio, sono ben attestati nella letteratura colta e nella tradizione folklorica. In virtù della mescolanza di informazioni medico-scientifiche e tradizioni popolari, il De Balneis conobbe una grossa fortuna, testimoniata dai numerosi codici che lo trasmettono e dai molti volgarizzamenti.
Altro centro importante per lo studio della medicina fu Arezzo, specie dopo l’istituzione ufficiale dello Studium (1215 ca.). In Alim si può consultare l’opera di Guido Aretinus, forse un logicae professionis minister con un discreto bagaglio di nozioni mediche, che prende rispettosamente le distanze dai maestri salernitani perché era entrato in possesso di fonti più avanzate, cioè arabe, come il Canon medicinae di Avicenna, diffuse in occidente grazie alle traduzioni della scuola toletana a partire dalla metà del secolo XII.
Tranne il De secretis, che sembra rispondere a esigenze diverse rispetto a quelle della medicina applicata (insieme ad informazioni fisiologiche sulla riproduzione contiene riflessioni generali sulla vita e l’universo, non scevre da un certo misoginismo che ne tradisce la fruizione monastica), gli altri testi sono serbatoi di tecnolemmi medici e mostrano in modo esemplare in cosa consisteva la diagnosi e la cura di numerose patologie: sia la Schola Salernitana che Guido d’Arezzo si muovono sulle più avanzate orme della medicina, che cura le malattie sulla base di disarmonie, come mostra la nota teoria degli umori. Si servono dell’anatomia e della cura con erbe officinali, le diagnosi sono quasi sempre affidate all’uroscopia, pratica che connota così tanto la medicina occidentale che Guglielmo di Rubruk annotò stupito nel suo Itinerarium che i Cinesi, per quanto esperti nell’arte della medicina, non praticavano l’ispezione delle urine.